昌吉州于1996年7月建立住房公积金制度，各县市分别成立住房公积金管理中心。2003年初，经州人民政府批准，成立昌吉州住房公积金管理中心，直属昌吉州人民政府管理的独立的不以盈利为目的的副县级事业单位，依法对全州住房公积金实行统一管理。2013年4月，经州党委批准升格为正县级，核定事业编制81名。同年5月1日，经州党委批准成立中共昌吉州住房公积金管理中心党组，下设8个党支部，设7个管理部，9个科室（办公室、财务科、资金核算科、宣教科、审计稽核科、综合业务科、信息技术科、法制科、组织人事科），核定事业编制80名，实有职工146人，核定领导班子职数4名，科级干部职数34名。其中：在编职工77人（引进硕士研究生6人），外聘职工53人。